Sistem kerja Pusat Pelatihan Sumber Daya Manusia Kemendikdasmen dilaksanakan melalui pembentukan Tim Kerja Substantif sebagaimana diatur dalam  Keputusan Kepala PPSDM Kemendikdasmen Nomor 3281/J2/KP.11.00/2025 tentang Pengelompokan Pelaksanaan Tugas  pada PPSDM Kemendikdasmen Tahun 2026.

Tim Kerja Substantif:
a. Tim Kerja Pelatihan Dasar, PPPK, dan Kepemimpinan;
b. Tim Kerja Pelatihan Teknis, Fungsional, dan Sosial Kultural; dan
c. Tim Kerja Manajemen Pembelajaran dan Pengetahuan Wiyata Kinarya.

Adapun untuk pelaksanaan urusan ketatausahaan di bawah koordinasi Kepala Bagian Tata Usaha, diantaranya
Penanggung Jawab Urusan Ketatausahaan:
a. Penanggung Jawab Urusan Perencanaan, Keuangan, SDM dan Tata Laksana;
b. Penanggung Jawab Urusan Pengadaan Barang dan Jasa dan Barang Milik Negara;
c. Penanggung Jawab Urusan Kerumahtanggaan dan Kearsipan; dan
d. Penanggung Jawab Urusan Hubungan Masyarakat dan Media;

serta adanya kelompok kerja Jabatan Fungsional yaitu Kelompok Jabatan Fungsional WIdyaiswara